Η αρχαία ελληνική μυθολογία αποδίδει την ίδρυση της Λίνδου στο γενάρχη των Ροδίων Τληπόλεμο, ο οποίος κατά τον Όμηρο συμμετείχε με εννέα πλοία στον Τρωικό Πόλεμο. Φαίνεται πως η ανάπτυξη της πόλης, από την ίδρυσή της, συνδέθηκε άρρηκτα με την ναυτιλία. Από τους Γεωμετρικούς χρόνους (900-700π.Χ.) μας είναι γνωστό ότι η Λίνδος ήταν σημαντικός, ναυτικός εμπορικός κόμβος των θαλάσσιων δρόμων. Εξελίχθηκε σημαντικά κατά τους αρχαϊκούς χρόνους υπό την διακυβέρνηση του μετριοπαθούς τυράννου Κλεόβουλου (6ος αιώνας π.Χ.), ενός από τους «επτά σοφούς» της αρχαιότητας. Η Λίνδος, στην αρχή του 5ου π.Χ. αιώνα δίνει στο παγκόσμιο ναυτικό εμπόριο τους πρώτους του κανόνες, ενώ αποτέλεσε κέντρο πανελλήνιας εμβέλειας συνδεδεμένο με την λατρεία της θεάς Αθηνάς.

Κατά τον 1ο μ.Χ. αιώνα οι κάτοικοί της δέχτηκαν την χριστιανική διδασκαλία από τον Απόστολο Παύλο (Καινή Διαθήκη, Πραξ.1,1). Μάλιστα σύμφωνα με την προφορική παράδοση ο Απόστολος αποβιβάσθηκε στο ομώνυμο λιμανάκι της Λίνδου, όπου έχει ανεγερθεί προς τιμήν του ιερός ναός. Η κομβική θέση του νησιού, στο σταυροδρόμι των πολιτισμών, αίτιο της πολυτάραχης ιστορίας του, έδωσε παράλληλα ώθηση στην ανάπτυξη της ναυτιλίας, την εμπορική, οικονομική, πνευματική και καλλιτεχνική άνθηση. Αποτέλεσε τμήμα της Ρωμαϊκής και της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, κατακτήθηκε από τους Άραβες, καταλήφθηκε από τους Ιωαννίτες Ιππότες, βρέθηκε υπό την Οθωμανική κυριαρχία και υπό Ιταλική κατοχή.

Ο σημερινός οικισμός της Λίνδου, χάρη στα ιδιαίτερα χαρακτηριστικά του και την Ακρόπολή του, έχει κηρυχθεί ιστορικό διατηρητέο μνημειακό συγκρότημα.