Согласно древнегреческой мифологии, основателем поселка Линдос являлся прародитель жителей Родоса Тлеполем, который согласно Гомеру участвовал в Троянской войне вместе с девятью своими кораблями. Как видно, развитие города с самого его начала неразрывно связано с морским делом. Начиная с Геометрической эпохи (900 - 700 до н.э.) нам известно, что Линдос был важным морским и торговым узлом на перекрестке морских дорог. Большой скачок в развитии города отмечается в архаическую эпоху во время правления тирана Клеобула (VI в до н.э.), который являлся одним из «семи древнегреческих мудрецов». В начале 5 века до н.э. город Линдос дарит всемирной морской торговле ее первые законы, а также является всегреческим центром, который поклонялся культу богини Афины.

В I веке н. э. жителями города было принято христианское учение апостола Павла (Новый Завет, Деян. 1.1). По преданию апостол Павел высадился на берегу одноименной гавани Линдоса, в честь чего в поселке был возведен храм. Центральное расположение острова на перекрестке культур и цивилизаций, которое было причиной бурной истории города, одновременно являлось стимулом и толчком к развитию морского дела, торговли, экономики, а также культуры и искусства. Город являлся частью Римской и Византийской империй, был захвачен арабами, оказался под владычеством рыцарей Ордена Иоаннитов, пережил османское иго и итальянскую оккупацию.

Современный поселок Линдос блягодаря своим особым качествам и Линдосскому Акрополю, был объявлен историческим монументальным комплексом.