Το εκθεσιακό σκηνικό προσαρμόστηκε και ταυτοχρόνως ανέδειξε την αρχιτεκτονική των ήδη διαμορφωμένων κτισμάτων του συγκροτήματος του Ι. Ναού Κοίμησης Θεοτόκου Λίνδου. Η γειτνίαση του καθαρά εκθεσιακού χώρου με τον περικαλλή ναό επέτρεψε την αξιοποίησή του, έθεσε ωστόσο εξ’ αρχής σημαντικούς μουσειογραφικούς αυτοπεριορισμούς, καθώς ο ναός αποτελεί έως και τις μέρες μας την ενοριακή εκκλησία του οικισμού. Επιλέχθηκε επομένως να πραγματοποιηθούν παρεμβάσεις μόνο ως προς τον εσωτερικό φωτισμό της εκκλησίας και μέσω αυτού να αναδειχθούν με διακριτικό τρόπο επιλεγμένα τμήματά του και κυρίως ο τοιχογραφικός διάκοσμός του που παρέμενε «σχεδόν αθέατος στο ημίφως». Επίσης αποκαταστάθηκε η γενικότερη εικόνα της εκκλησίας και αφαιρέθηκαν νεώτερα στοιχεία ώστε να είναι σχεδόν όμοια με αυτή που είχε στα τέλη του 19^ου αιώνα σύμφωνα με αρχειακές φωτογραφίες που αξιοποιήθηκαν.

Στον παρακείμενο χώρο, που φιλοξένησε την πρώτη έκθεση της συλλογής και αποτελεί τον καθαρά εκθεσιακό χώρο της επανέκθεσης, το εκθεσιακό σκηνικό διαμορφώθηκε στη βάση ενός αυτοφερόμενου, συνεκτικού κελύφους. Το κέλυφος λειτουργεί ως «καμβάς», ως πλατφόρμα ανάπτυξης του μουσειολογικού σεναρίου περιλαμβάνοντας ανάλογα με τις ανάγκες των επιμέρους υποενοτήτων, ενσωματωμένες μικρές ή μεγαλύτερες προθήκες καθώς και πλαίσια προβολής και αναφοράς. Επιμελήθηκαν ο χρωματισμός του κελύφους καθώς και ο φωτισμός, ώστε να συμβάλουν τα μέγιστα στην δημιουργία μιας ιδιαίτερης ατμόσφαιρας, την ανάδειξη επιλεγμένων αντικειμένων αλλά και των ιδιαίτερων αρχιτεκτονικών στοιχείων του χώρου. Με ιδιαίτερη φροντίδα σχεδιάστηκε ποικίλο εποπτικό υλικό ώστε να καλύψει τις ανάγκες διαφορετικών ομάδων επισκεπτών.